Sekretariatet er ansvarlig for den daglige driften, koordinering av samarbeid og mottak av forespørsler til stiftelsen. Sekretariatet koordinerer og kvalitetssikrer organisasjonens prosjekter, og er felles talerør og pådriver for funksjonshemmedes rettigheter i utviklingsland og humanitært arbeid.
Det er organisasjonene selv som driver bistandsprosjektene i samarbeid med sine lokale partnere. Sekretariatet holder til i Storgata 33 A i Oslo, i samme lokaler som FN-sambandet.
